剿匪在即，周遇吉却没有时间理会这些官员，控制了城防，控制了粮仓之后，先分兵攻取黄县、招远，周遇吉自己则亲率主力向东攻向各处卫所。

有的卫所被叛军占据，周遇吉一到便发动进攻，他随军携带了红夷大炮二十门，皆用海船装载随行，到达沿海卫所之后，靠着红夷大炮能轻松轰破卫所城墙。往往城墙轰破，叛军便会不战而降。便是有叛军想负隅顽抗，也不是精锐的辽东禁卫军的对手。

不过胆敢抵挡禁卫军的根本没有多少，大军一路清剿，也只在威海卫打了一场硬仗，先是击溃了胆敢出城迎战的叛军，然后以火炮轰破威海卫城，大军攻入城中，斩杀负隅顽抗的叛军数百，其他叛军便不战而降。

攻占卫所之后，先进行甄别，把带头叛乱的头目还有卫所将领统统抓出来杀头，至于普通的叛军，则一律用船送往辽东屯边。辽东现在地广人稀，有的是土地，这些叛军被押到辽东后先做两年苦力恕罪，然后会分给他们田地耕种。

至于没有参与卫所，禁卫军占据以后，也会把卫所将领们揪出来，以畏敌如虎、失职、侵占军田等一系列罪名抓起来充军辽东，他们霸占的军田自然也会充公。

很快朱由检派人来到登州府，宣布所有沿海卫所军户一律改为民户，军田则充为官田，分给这些普通军户耕种。从此以后，这些军户便和清田司所属其他民户一样，只需要缴纳田租，不需要再承担军役，田租的比例远低于给将领们当军奴。

这项政策一出，沿海军户们欢欣鼓舞纷纷向济南皇帝所在方向跪拜磕头，高呼万岁。

再接下来，平定叛乱的速度更加迅速了，周遇吉大军一到，各叛乱卫所纷纷归降。能分到田地过上安生日子，这些军户也不想造反。

用了两个月时间，周遇吉率军占领了登州府所有卫所，并占据了莱阳、栖霞、文登、黄县、招远、宁海、福山等州县，每个县皆屯兵千余。

而于此同时，张世泽也击败了十数支农民军，占领了胶南青州南部等州县，并在崂山击溃了闻香教最后的军队，抓住了闻香教圣女，而闻香教二头领马王爷则不知所终。

赵率教则控制了青州莱州府北部州县。

自此，遍布胶东三府的闻香教起义，只用了三个月时间，便被彻底平定。